Pembelajaran al-qur’an dengan menggunakan metode Wafa di SMPIT Bina Insan Cendekia kota pasuruan diterapkan mulai tahun 2014. Metode Wafa sendiri menjadi pilihan di SMPIT Bina Insan Cendekia karna mempunyai ciri khas dibanding dengan metode-metode yang lainnya. Yaitu, menggunakan otak kanan, yang mana pembelajarannya sangat mudah difahami oleh siswa/i. Penerapan metode Wafa di SMPIT Bina Insan Cendekia berjalan sesuai dengan standarisasi yang sudah digariskan oleh Wafa pusat yang biasa dikenal dengan istilah 7 M. Langkah inilah yang menjadi kunci, eksistensi dan kesuksesan pembelajaran al-qur’an metode Wafa di SMPIT Bina Insan Cendekia kota pasuruan mulai awal berdiri sampai sekarang. Kesuksesan metode Wafa yang diterapkan di SMPIT Bina Insan Cendekia juga didukung beberapa penunjang seperti 5 pendidik yang hafal al-qur'an 30 juz dan 7 pendidik yang mempunyai suara bagus dan menguasai beberapa nada seperti Hijaz, nahawan dan nada lainnya. Selain itu, peserta didik yang mempunyai niatan yang kuat untuk menjadi hafidz/oh atau generasi qur'ani. Ditambah lagi, ada beberapa program pendukung, seperti kegiatan munaqosyah, tashih, mukhoyyam dan lainnya yang istiqomah diadakan. Pembelajaran Wafa di SMPIT Bina Insan Cendekia juga ada problem yang menjadikan peserta didik tidak mencapai target yang sudah ditentukan sekolah. Salah satu faktornya adalah kurangnya kedisiplinan beberapa pendidik dan adanya peserta didik yang terkadang terlambat mengikuti pembelajaran, bahkan kadang masuk kadang juga tidak. Dengan demikian, maka perlu pengawalan sistem dan kerjasama semua pihak khususnya pengajar Wafa untuk meminimalisir problem yang ada.
